Genetic diversity across the SARS-CoV-2 genome¶

The scatter plots describe a sliding window analysis (100 nt windows with 50 nt of overlap; regions with multiple gaps not considered) of the following measures of sequence conservation for Alig02 multiple sequence alignment used in the database:
-PIS: percentage of identical sites
-PPI: percentage of pairwise identity


Alignment info

Define below a window to see on the multiple sequence alignment:

Alig02
Start position: End Position:

or use a window midpoint (roll over a dot on the graph) to visualize the corresponding section of the alignment

Alig02
Midpoint:

Click and drag on the graphs to zoom in

List of the most conserved genomic regions considering the PIS (100 nt windows): Genome Position PIS 751-850 100 801-900 100 851-950 100 901-1000 100 951-1050 100 1201-1300 100 1251-1350 100 1751-1850 100 1801-1900 100 2201-2300 100 2651-2750 100 2801-2900 100 3851-3950 100 3901-4000 100 3951-4050 100 4001-4100 100 4051-4150 100 4201-4300 100 4251-4350 100 4301-4400 100 4651-4750 100 4701-4800 100 4751-4850 100 4801-4900 100 4851-4950 100 4901-5000 100 4951-5050 100 5001-5100 100 5151-5250 100 5651-5750 100 5701-5800 100 5901-6000 100 6301-6400 100 6351-6450 100 6401-6500 100 7101-7200 100 7151-7250 100 7201-7300 100 7251-7350 100 7301-7400 100 8051-8150 100 8101-8200 100 8151-8250 100 8201-8300 100 8251-8350 100 8701-8800 100 8851-8950 100 8901-9000 100 9401-9500 100 9801-9900 100 9851-9950 100 10151-10250 100 10301-10400 100 10351-10450 100 10401-10500 100 10451-10550 100 12201-12300 100 12251-12350 100 12401-12500 100 12601-12700 100 12651-12750 100 12701-12800 100 12751-12850 100 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List of the most conserved genomic regions considering the PPI (100 nt windows): Genome Position PPI 751-850 100 801-900 100 851-950 100 901-1000 100 951-1050 100 1201-1300 100 1251-1350 100 1751-1850 100 1801-1900 100 2201-2300 100 2651-2750 100 2801-2900 100 3851-3950 100 3901-4000 100 3951-4050 100 4001-4100 100 4051-4150 100 4201-4300 100 4251-4350 100 4301-4400 100 4651-4750 100 4701-4800 100 4751-4850 100 4801-4900 100 4851-4950 100 4901-5000 100 4951-5050 100 5001-5100 100 5151-5250 100 5651-5750 100 5701-5800 100 5901-6000 100 6301-6400 100 6351-6450 100 6401-6500 100 7101-7200 100 7151-7250 100 7201-7300 100 7251-7350 100 7301-7400 100 8051-8150 100 8101-8200 100 8151-8250 100 8201-8300 100 8251-8350 100 8701-8800 100 8851-8950 100 8901-9000 100 9401-9500 100 9801-9900 100 9851-9950 100 10151-10250 100 10301-10400 100 10351-10450 100 10401-10500 100 10451-10550 100 12201-12300 100 12251-12350 100 12401-12500 100 12601-12700 100 12651-12750 100 12701-12800 100 12751-12850 100 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